Nanoha Takamachi è una bambina di terza elementare che vive con i suoi genitori, che gestiscono un Bar, con la sua sorella maggiore, frequentante le superiori, e il fratello, frequentante l'università. La normale vita di Nanoha cambia quando sente una strana voce che la chiama mentre stava tornando a casa da scuola, che si conclude con il recupero di un furetto ferito. In questo modo ottiene un cristallo magico chiamato Raiging Heart, e ottiene con esso poteri magici.
Dopo il loro incontro, Nanoha e Yuuno, cominciano a recuperare i ventuno "Semi Gioiello", chiamati anche Lost Logica, potenti cristalli perduti dal mondo di origine di Yuuno. Questi cristalli possiedono poteri di esaudire i desideri e possono essere molto pericolosi in cattive mani. Sfortunatamente Nanoha e Yuuno non sono gli unici che cercano di recuparare i Semi Gioiello, sulle loro tracce vi è anche Fate Testarossa, una ragazza straniera.
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